Após a fase de treinamento do uso da ferramenta SEI!, o sistema encontra-se em etapa de finalização da segunda fase, a da "virtualização" dos processos administrativos. Toda a tramitação dos processos acontece hoje exclusivamente por meio do SEI!. Aos poucos a tramitação física deixa de existir na administração. No entanto, os documentos físicos ou que necessitarem de assinatura dos responsáveis serão ainda escaneados e incorporados ao processo virtual.
A implantação do SEI! no Governo de Goiás foi dividida em 3 etapas. Na primeira fase, já superada, o sistema atuou apenas como um “registrador” da autuação, da tramitação física e do arquivamento dos processos administrativos. Se deu início no dia 01 de fevereiro de 2017, em substituição ao SEPNET. Não houve mudanças na forma de trabalho. O objetivo era apenas a familiarização dos usuários com a ferramenta.
Assim que suplantada a segunda fase, será iniciada a partir de outubro deste ano, a terceira etapa, conhecida por "documentos nato-digitais”. A partir dessa fase, O SEI! passará a funcionar plenamente. Os documentos serão criados e tramitados em sua totalidade diretamente no sistema, sem a necessidade de impressão ou escaneamento. As assinaturas passarão ser digitais e os documentos de comunicação oficial serão criados e tramitados de forma totalmente eletrônica, concluindo assim a implantação definitiva do sistema no Governo de Goiás.